Порядок слов в вопросе:
вопросительное слово (where);
вспомогательный глагол (are);
подлежащее (they);
остальная часть подлежащего (если есть) и прочие детали в порядке уменьшения важности (from).
Where are they from? - Откуда они? (Откуда они приехали? Откуда они родом?)
