Для того, чтобы понять правописание слова "прекрасный", нужно разобрать происхождение его морфем.
Это слово произошло от слова "красивый". Однокоренные слова - красив, прекрасен, краше. В корне "крас" нет непроизносимой согласной "т", значит, в слове "прекрасный" она писаться не будет.
Приставка "пре" используется в этом слове в значении "очень" - "очень красив".
Согласно правилам словообразования прилагательных после корня пишем суффикс "н", падежное окончание - "ый".