Выражение "лошадь бежит рысью" имеет прямое значение, так как, когда лошадь бежит рысью, её движения действительно схожи с движениями рыси, когда та бежит. Выражение же "вода бежит" будет иметь уже переносное значение, ведь вода, по сути, бежать не может.
