Подбираем однокоренные слова к слову "пятнышками": ПЯТНо, ПЯТНистый, ПЯТНа, ПЯТНышки, ПЯТНышком, ПЯТНышку. Все перечисленные однокоренные слова имеют общую часть ПЯТН. Следовательно, в данном слове корень ПЯТН, ЫШК - суффикс, ами - окончание, пятнышк - основа.